蝴蝶鱼食性变异大，有的从礁岩表面啄食躲藏在缝隙里的小型无脊椎动物及藻类，有的在水层中捡食浮游动物，有的只吃活珊瑚的水螅虫等。
蝴蝶鱼大部分都生活在20公尺以内的浅水水域，是很典型的日行性鱼类，白天出来找东西吃、交配，晚上才躲在礁洞里面休息。觅食时，或群游，或成对，或独游。
蝴蝶鱼行动迅速，稍受惊动即躲入珊瑚礁或岩石缝中。它们生活史中需要经过一段长时间的漂流期，而使得人工繁殖不易成功。
珠蝴蝶鱼为杂食性的观赏鱼，人工喂食珠蝴蝶鱼可以以藻类、珊瑚虫、浮游动物为食。也可以喂食动物性饵料，比如鱼肉、虾肉以及软体等饵料。
野生环境下的珠蝴蝶鱼是近海暖水性小型珊瑚礁鱼类，身体侧扁适宜在珊瑚丛中来回穿梭，它们能迅速而敏捷地消逝在珊瑚枝或岩石缝隙里，适宜伸进珊瑚洞穴去捕捉无脊椎动物。
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